（策略篇）S4E20：一篇22分的NG教你如何设计课题
大家好，介绍了几期外泌体，我们中间穿插讲一篇lncRNA的文章，熟悉我们的小伙伴知道，我们讲文章喜欢讲套路，讲思路，讲逻辑，也喜欢联系基金一起讲，因为我们经常从基金中看到文章的影子，有的基金就是照搬文章思路的，或者换句话说：文章和基金是相通的，大家先看下面这篇文章，最后我们尝试根据这篇文章内容给出申请基金的名字。
今天分享一篇关于lncRNA的Nature Genetics 文章：Pancreatic cancer risk variant in LINC00673 creates a miR-1231 binding site and interferes with PTPN11 degradation.Nat Genet（IF 29.3）. 2016 May 23. doi: 10.1038/ng.3568. 全文下载链接: http://pan.baidu.com/s/1hswI7pM 密码: qie1
先看机制图：
这篇文章涉及到了几个关键词：SNP，lncRNA，microRNA，蛋白表达，泛素化，胰腺癌，以lncRNA LINC00673为核心分子，主要研究SNP位点对lncRNA LINC00673功能和上下游调控的影响，lncRNA LINC00673对直接靶分子PTPN11的结合和下游信号通路的调控，miR-1231对LINC00673[A]亚型的调控：lncRNA LINC00673中定位于17q24.3区域，其中SNP位点rs1111655237定位于LINC00673四号外显子，使得LINC00673存在G和A两个压型，LINC00673[A]亚型被miR-1231识别和下调，而LINC00673[G]亚型结合泛素化酶 PRPF19和PTPN11，促进PTPN11的泛素化和降解，阻断促癌SRC-ERK通路和激活STAT1介导的抑癌通路。
内容主要涉及到：
LINC00673发挥抑癌基因的功能；
SNP位点 rs1111655237定位于LINC00673四号外显子，存在G和A两个亚型，LINC00673[A]亚型被miR-1231识别和下调；
LINC00673通过增强PTPN11与泛素化酶 PRPF19结合导致PTPN11降解，抑制SRC–ERK信号通路，激活STAT1下游抑癌通路。
我们把文章内容分成以下四部分：
1. 细胞和动物实验，沉默和过表达LINC00673[G]以研究其抑癌基因的功能；
这一部分没有什么好说的，细胞和动物实验，两株胰腺癌细胞株，干扰和过表达，增殖、周期、克隆形成实验，是做肿瘤的研究的标配。
2. LINC00673与PTPN11直接结合，并确定两者结合序列和结构域。
RNA与蛋白作用的经典三步骤：
lncRNA Pulldown+质谱确定 LINC00673的靶蛋白PTPN11；
RIP反向验证PTPN11与lncRNA LINC00673的直接结合；
片段验证LINC00673与PTPN11结合的序列和结构域。
3.LINC00673通过增强PTPN11与泛素化酶 PRPF19结合导致PTPN11降解
LINC00673与PTPN11结合对PTPN11表达的影响，首先RNA水平不影响——排除转录水平调控——蛋白水平排除合成的影响——确定对PTPN11降解的影响——确定泛素化修饰。
CHX: cycloheximide,蛋白合成抑制剂
MG132：蛋白酶体抑制剂
研究泛素化酶 PRPF19在LINC00673导致PTPN11降解中起的作用，即包括直接结合，又包括表达调控，最后检测干预表达对泛素化水平调控。
研究下游通路最常见的WB，LINC00673发挥抑癌基因功能——阻断促癌通路SRC-ERK通路和激活STAT1介导的抑癌通路，最后检测LINC00673表达丰度与两通路分子mRNA表达相关性。
4.miR-1231对LINC00673[A]亚型的调控。
miR-1231调控LINC00673[A]亚型而非LINC00673[G]亚型活性和表达。
最后，我们尝试根据文章内容给出申请基金的名字：新抑癌lncRNA LINC00673 rs1111655237介导的miR-1231靶点识别和PTPN11降解在胰腺癌中的功能研究，机制图可以直接做科学假说图：
这篇文章与我们以前介绍的其它文章有很多相似之处，感兴趣的可以看：
1.（策略篇）LncRNA调控蛋白表达的第二种方式：蛋白翻译（点击查看）
2.（文章篇）S3E9:lncRNA研究，做到什么程度才能发Cancer Cell?（点击查看）
3.（文章篇）S3E7：一文掌握lncRNA研究的套路和创新点（点击查看）
4.（文章篇）S3E5：一文掌握LncRNA—蛋白—DNA互作研究方法（点击查看）
5.（文章篇）S3E4：一个LncRNA和基因互相激励的故事（点击查看）
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